Es común en GNU/Linux querer usar mas de un escritorio, también es normal tener algunos conflictos como en el caso de Gnome + KDE, lo que explicare en este articulo es como evitar que las aplicaciones de un escritorio se inicien automáticamente en el otro.
Primero vamos a la carpeta autostart, localizada en ~/.conf/autostart (Recordemos que «~» es un alias que dirige a nuestra home).
yo usare Dolphin en este caso
dolphin ~/.config/autostart
En esta carpeta encontramos las aplicaciones que arrancan automáticamente al iniciar sesión, luego damos click derecho en la aplicación que queremos configurar y la abrimos con nuestro editor de texto preferido (En mi caso usare KWrite)
Obtendremos algo como esto
[Desktop Entry]
Version=1.0
Encoding=UTF-8
Name=Docky
Categories=Utility;
Comment=The finest dock no money can buy.
Exec=docky
Hidden=false
Icon=docky
Terminal=false
Type=Application
Agregamos OnlyShowIn=entorno; con el escritorio donde queremos que inicie la aplicación, si quiero que docky inicie solo en Gnome tendría que agregar lo siguiente
OnlyShowIn=GNOME;
Si quiero que inicie en GNOME, XFCE y KDE agrego el escritorio quedando así
OnlyShowIn=GNOME;XFCE;KDE;
El archivo completo seria
[Desktop Entry]
Version=1.0
Encoding=UTF-8
Name=Docky
Categories=Utility;
Comment=The finest dock no money can buy.
Exec=docky
Hidden=false
Icon=docky
Terminal=false
Type=Application
OnlyShowIn=GNOME;XFCE;KDE;
MachGeek 
Excelente Información! ya me estaba volviendo loco al no encontrar como hacer que las aplicaciones al inicio de Gnome dejaran de ejecutarse en KDE sin que se dejaran de ejecutar en Gnome. Gracias!.
jajjajaj buscando por todo el ciber espacio y me encuentro con una publicacion tuya xD
pd: soy juako_sym xD